La construcción del Hospital Regional de Alta Especialidad de Oaxaca se generó como respuesta a los daños a la salud cada vez más complejos de los oaxaqueños, secundarios a la transición poblacional y epidemiológica.
Parte de la patología de alta complejidad ha sido atendida en la capital del Estado por el Hospital General "Dr. Aurelio Valdivieso", el cual, clasificado como un nosocomio de segundo nivel de atención, creció hasta ofrecer los servicios de 18 subespecialidades médicas, lo que originó su saturación e insuficiencia presupuestal.
Otro porcentaje de usuarios ha tenido que ser referido a Hospitales de la ciudad de Puebla, al Distrito Federal y a otros lugares con mayor capacidad resolutiva, originando gastos catastróficos a las familias.
Lo anterior, justificó la decisión de construir un Hospital de tercer nivel. Fue así como el 13 de febrero del año 2002, se inició la construcción, y por decreto publicado en el Diario Oficial de la Federación se crea el 29 de Noviembre del año 2006 el Hospital Regional de Alta Especialidad de Oaxaca.